Reagenzien & Protokolle
Antikörper zur Verwendung in Protokollen zur Färbung von Organoiden (Whole Mount Färbung und IHC) (P04)
Protokolle für Antikörper, die für die Färbung von Organoiden (Whole Mount Färbung und IHC) verwendet werden, können hier heruntergeladen werden.
Werkzeuge für Proteom-weite Strukturvorhersagen für alle 9 humanen Herpesviren (P09)
Strukturvorhersagen sind zu unschätzbaren Werkzeugen für experimentelle Lebenswissenschaften geworden, da sie die Erstellung strukturbasierter Hypothesen beschleunigen. Wir stellen proteomweite Monomer-Strukturvorhersagen für alle neun humanen Herpesviren unter www.bosse-lab.org/herpesfolds über eine interaktive, durchsuchbare und frei zugängliche Web-Schnittstelle zur Verfügung, um diese Ressourcen für jedermann zugänglich zu machen.
HerpesFolds: A proteome-wide structural systems approach reveals insights into protein families and activities of all nine human herpesviruses.
Darüber hinaus ist es jetzt möglich, Protein-Protein-Interaktions-Screens in silico unter Verwendung von Strukturvorhersagen durchzuführen. Unter www.bosse-lab.org/herpesppis stellen wir auch die kompletten vorhergesagten Proteininteraktome für HSV-1, HCMV und KSHV mit strengem Scoring zur Verfügung. Die grafische Benutzeroberfläche ermöglicht außerdem einen einfachen Zugang und bietet Informationen über konservierte Proteinkomplexe.
Protokolle
Mit der nativen Polyacrylamid-Gelelektrophorese (NAGE) kann untersucht werden, ob ein Protein multimere Strukturen (z.B. Dimere) bildet. In diesem Zusammenhang kann z.B. mit NAGE die Bedeutung bestimmter Aminosäurepositionen für die Bildung solcher multimeren Strukturen durch Mutagenese und Vergleich mit dem Wildtyp-Protein untersucht werden. Das Protokoll kann hier heruntergeladen werden.
Die Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) ist eine experimentelle Methode zur Bestimmung von Protein-DNA-Interaktionen. Ein Ziel ist es herauszufinden, ob bestimmte Proteine mit spezifischen Genregionen assoziiert sind. So kann beispielsweise die Bindung eines Transkriptionsfaktors an Promotoren, Enhancer, Repressoren oder Silencer untersucht werden. Das Protokoll kann hier heruntergeladen werden.
Das TriPPPro-System ermöglicht die Live-Imaging zellulärer und viraler Genome durch die Verwendung eines an ein Dienophil gebundenen Pronukleotids und eines an ein Dien gebundenen Fluorogens. Das Protokoll kann hier heruntergeladen werden.
Sterrenberg VT, Stalling D, Knaack JIH, Soh TK, Bosse JB, Meier C. Triphosphat-Pronucleotid (TriPPPro)-Reporter mit Optimierten Zellpermeablen Farbstoffen zum Metabolischen Labeling von Zellulärer und Viraler DNA in Lebenden Zellen. Angewandte Chemie Jul 2023. (DOI: https://doi.org/10.1002/ange.202308271). PDF